Dans un futur proche, le monde virtuel d'Internet décidera du sort du monde réel. Celui qui contrôlera le monde numérique contrôlera toute l'humanité. Dans cette guerre pour l'information, le programme de piratage informatique Aiva a pour mission d'accéder à l'ordinateur central de l'ennemi et de le neutraliser.

Sp.A.I est un jeu de plateforme à la troisième personne où le joueur prend le contrôle d'un programme doté d'intelligence artificielle nommé Aiva, dont les capacités vont des systèmes de piratage au détournement de pare-feux en passant par la manipulation de protocoles de sécurité.