Jeu d'aventure classique, proche de « A link to the past », permettant aux fans de Zelda de se replonger dans ce style de jeu bien particulier. L'histoire se situe directement après « A link to the past ».

Après la victoire de Link sur Ganon, nul ne sait quel voeu fit Link à la Triforce. Mais ce voeu eu pour effet de réunifier le monde de la lumière et celui des ténèbres, et ressuscita les descendants des 7 sages. La paix était revenue sur Hyrule. Mais hélas, ce voeu ressuscita également Ganon et ses sbires. Celui ci préparait sa vengeance, mais ne pouvait rien faire sans la Triforce. Une nuit, une voie familière parle à Link durant son sommeil...