GMER permet de gérer les processus en cours d'exécution, cachés ou non, sur l'ordinateur. Il détecte les rootkits, des logiciels malveillants qui fonctionnent discrètement en arrière plan à votre insu.

Le programme permet également de surveiller les processus créés, les pilotes et librairies chargés, les fonctions de traitement sur les fichiers, les entrées insérées dans le registre, les connexions TCP/IP.