AEP 2006 Pro fournit un moyen efficace pour le cryptage, le décryptage et la compression des fichiers ou emails à partir de l'Explorateur de Windows.

L'application peut utiliser près de 17 algorithmes de cryptage, dont U.S. DoD 5200.28, NATO Data Destruction Standard, U.S. Air Force Standard, U.S. Army Standard, Russian GOST P50739-95 Data Destruction Standard et d'autre. Elle supporte toutes les partitions et inclut un support particulier pour les partitions NTFS.

Cette version Pro offre davantage de flexibilité. Elle permet de créer des archives autonomes, les utilisateurs n’ont pas besoin de AEP 2006 Pro pour le décryptage.